L'histoire commence dans le village caché de Konoha, où vit Uzumaki Naruto, le pire garnement de l'académie ninja ! Cependant un grand secret plane autour de lui : 12 ans auparavant le puissant démon Kyubi, un démon-renard à 9 queues, dévastait des forêts et des villages, puis fut emprisonné par le 4ème Hokage dans le corps de Naruto alors qu'il n'était qu'un bébé. Celui-ci souhaite devenir le plus grand des Hokage...