En l'an 200X, une troisième guerre mondiale débute. Les plus grandes villes furent la cible de bombardements nucléaires, dont Tokyo qui fut littéralement plongée dans les flammes de l'enfer. Depuis lors, un demi-siècle s'est écoulé, et le cratère formé par l'impact de la bombe est toujours contaminé et ainsi isolé du reste de la ville. On l'appelle communément le "Black Spot". Au centre du Black Spot est érigé le quartier général de l'industrie pharmaceutique Simeon, dirigée par Adam Arclight.