Alors que la première saison traitait d'un virus mortel importé de Russie par des terroriste religieux ; la nouvelle saison se déroule deux an plus tard. Cette fois, la menace est un avion qui transporte un nouveau genre d'arme nucléaire. Falcon doit à nouveau faire face avec l'aide du THIRD-I et ses capacités de hacker à des terroristes qui ne sont pas totalement méconnus et qui menace le Japon avec cette arme nucléaire. C'est une nouvelle course contre la montre pour empêché à nouveau le Bloody Monday d'arriver.